Les approches méthodologiques issues des sciences de la nature présentent certaines limites en sciences humaines et sociales et ce, pour plusieurs raisons :
- La complexité et l'instabilité de l'objet d'étude : Contrairement aux phénomènes naturels, les faits sociaux sont complexes, changeants et difficilement reproductibles. Les comportement, les actions et les pratiques des humains sont hétérogènes et se laissent difficilement enfermés dans des modèles standardisés.
- La dialectique du rapport entre la recherche et son objet : Les savoirs produits par les SHS exercent une influence sur « l'objet » même qu'elles étudient; ce qui le transforme.
- Le chercheur impliqué dans son objet : Les chercheurs en SHS ne sont pas extérieurs à leur objet, mais y participent toujours eux-mêmes d'une certaine façon; de sorte que la distance ne peut y être indique à celle qu'on observe en science de la nature.
- L'étude du symbolique : Les sciences humaines et sociales analysent des « objets » dont l'existence est très souvent symbolique (bien qu'ils s'objectivent en partie dans des institutions) ce qui rend difficile l'application directe des méthodes des sciences de la nature.
- Le risque d'essentialisation : Transférer les méthodologies des sciences de la nature vers les SHS comporte un réel danger de réduire la complexité des phénomènes sociaux à un seul paramètre; ce qui peut conduire à des simplifications outrancières.
- La difficulté d'établir des liens de causalité : Dans les SHS, l'expérimentation est la plupart du temps impossible voire contraire à l'éthique; ce qui laisse peu de place et de pertinence pour la recherche de rapports causaux.
- Le contexte historique et culturel : Les phénomènes sociaux (et le chercheur lui-même) sont ancrés dans des contextes spécifiques; ce qui rend souvent hasardeux la généralisation des résultats.
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