Bien qu'il soit un courant très important en sciences humaines et sociales, le holisme a suscité de nombreuses critiques. Voyons-en quelques-unes :
- Une tendance lourde à la réduction de l'agentivité individuelle: Le holisme tend en effet à minimiser le rôle des choix et des actions individuels dans la formation des phénomènes sociaux, considérant les individus surtout comme étant «agis» plutôt qu'acteurs face aux structures sociales.
- Une certaine difficulté à expliquer le changement social: En se concentrant sur les structures sociales, l'approche holiste explique mal les processus de changement et d'innovation venant des acteurs.
- Un risque de sombrer dans le déterminisme social : Le holisme conduit parfois à l'adoption d'une vision très déterministe de la société, vision où les actions et les pratiques des individus sont vues comme entièrement déterminées par les normes sociales.
- Un certain manque de précision dans l'analyse des micro-comportements: Par l'adoption d'une vision macroscopique, le holisme néglige souvent les nuances et la diversité des actions et pratiques des individus.
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